不过这些仅仅是表面的情况，S3pro真正的改变还是在内部：CCD部分。相对与以往单纯的像素提高，富士这次的升级工作更值得深入思考――目前DSLR的数码影像技术与传统35毫米胶片的主要差距，究竟是分辨率不够高还是在其它方面？显然，S3pro装备的Super CCD SR II代表了一种技术发展的新方向。就输出分辨率而言，S3pro基本与S2pro持平（但依然是当前同价位中最高的），但新一代的Super CCD SR II却能够真正使画质获得一次飞跃！从结构上看，Super CCD SR II拥有两种截然不同的感光元件：高灵敏度的S像素和低灵敏度的R像素，这就大大提高了照片的动态范围，确保从最暗部到最亮部都能够获得良好的表现。这样，就使得一贯是数码相机软肋的“宽容度”方面获得长足的进步，使得S3pro能够有接近甚至超越35hm胶片的可能，因此称Super CCD SR II是一款革命性的产品亦不为过。
在Super CCD SR II获得丰富原始信息的基础上，富士一贯强大的图像处理能力就能够发挥出最大的威力了。S3pro所具有的两种拍摄模式是S2pro所没有的：模拟胶片画质的F1和F2模式。在F1模式下，重点的诉求是获得最平滑的色彩过渡，从而实现最真实和自然的色彩表现。显然这一模式尤其适合使用在人像摄影中，通过使用该模式能够完美地还原肤色，获得近似胶片的照片质量。F2模式则强调色彩的饱和度，当用于风光摄影时和获得接近于富士反转片的效果。从样张的表现看，S3pro在细节表现和色彩还原方面比S2pro有明显的进步，尤其在肤色的还原能力方面可以用“完美”来形容，新一代“人像王”果然不负众望。
不过，要挖掘出S3pro的全部潜力，就不得不介绍一下新版本的HS-V2 ver3.0软件包，尤其是其中的RAW File Converter EX，它提供的各种高级功能，可以对原始的RAW文件进行色调曲线、白平衡、清晰度、饱和度及亮度各方面的调整。通过RAW格式来降低高ISO情况下的噪点已经是DSLR用户们常用的手段了，通过合理地操作，可以使得ISO800下拍摄的照片依然保持“干净”。不过这次HS-V2 ver3.0配合S3pro可厉害了，居然能够还原出ISO1600下噪声极低的照片。其实，这还要归功于Super CCD SR II：要注意到，当你打开了RAW宽模式下，每个RAW文件的容量达到25MB，比S2pro同样尺寸的照片文件大了一倍，这就意味着文件中纪录了更多的CCD原始信息，在后期的处理中自然占尽优势。
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